Star Wars Jedi Knight: Jedi Academy comienza poco antes de la finalización de los eventos acaecidos en Star Wars: Jedi Outcast. Los jugadores pueden crear un personaje aprendiz de Jedi y unirse a la Academia Jedi en Yavin 4 para aprender las formas de la Fuerza bajo la experta tutela de Luke Skywalker y Kyle Katarn. Mientras el joven aprendiz se embarca en diversas misiones para conseguir pulir sus habilidades y talentos, un misterioso grupo ha sido descubierto causando estragos en toda la galaxia. Hasta que el orden sea restaurado, la fe de la Academia Jedi -y el futuro de la galaxia Star Wars en sí misma- está en juego.